Catán Junior transcurre en un anillo de seis islas en el que los jugadores construyen escondrijos y encuentran la misteriosa isla encantada, en la que vive el Capitán fantasma. Cada isla genera un recurso específico: madera, cabras, melaza o espadas. Los jugadores deben usar estos recursos para construir barcos, extender sus dominios y construir nuevos escondrijos desde los que dominar el tablero.