El 26 de enero de 1948, un hombre que se hace pasar por funcionario de salud pública entra en un banco en Tokio. Una vez allí, explica que su cometido es contener un brote de disentería y suministra una medicina a todos los presentes. Tres minutos después, doce de los empleados mueren, cuatro caen inconscientes y el falso doctor desaparece con .

Narrada por una superviviente que se siente doblemente culpable por haber sobrevivido al robo y la guerra; un periodista que, ansioso por tener la exclusiva, se hace pasar por médico para tener acceso a una de las víctimas y se enamora de ella, y un detective de la policía que pierde la cordura a causa del odio que siente hacia los ocupantes americanos,  otras voces, Ciudad ocupada  el día a día de una ciudad descomunal literalmente reducida a escombros tras los bombardeos de la segunda guerra mundial, las barbaridades de los experimentos biológicos que quedaron impunes tras el juicio en los tribunales de crímenes de guerra y recoge la simple idea de que todos los hombres somos culpables.

Basada en hechos reales, Ciudad ocupada es el segundo volumen de la trilogía de Tokio.