La historia nos traslada a una ciudad distópica, concebida para ser perfecta, donde existe el cuidado para todo ser vivo, y a la que todos juran lealtad absoluta. Es allí donde Shion -un chico que creció en la élite- repentinamente pierde sus privilegios por proteger a un fugitivo de nombre Nezumi que portaba un VC (chip de violencia). Este le cuenta a Shion que la ciudad en realidad está hecha para lavarle el cerebro a la gente, cosa que en el fondo el protagonista ya intuía. Cuatro años más tarde, en medio de incidentes por los que se busca culpar a Shion de cometer un crimen, Nezumi reaparece para salvarlo. Junto a él, descubrirá la verdad oculta detrás de esa ciudad ideal y perfecta conocida como Nº 6.